windows下 LyX+knitr 编译不成功

多半是编码问题。

1. 更新R包，参见 https://github.com/yihui/knitr/blob/master/FAQ.md

2. 更新LyX到最新版本，然后用这个文件替代安装目录下的同名文件： https://raw.github.com/yihui/lyx/master/scripts/lyxknitr.R 你没说装在哪儿，只能连蒙带猜在C盘某个目录下了。等LyX 2.0.6出来就不存在这一步了，参见 http://www.lyx.org/trac/ticket/8504

回复 第4楼 的 谢益辉：

修复了Windows下使用Rstudio通过Rsweave编译Rnw文件导出pdf文件过程中，插入的R代码中不能使用中文的问题。同时出现一个问题，无法在生成图形的标题中使用中文。代码如下：

<br />
\documentclass[UTF8,10pt]{ctexart}<br />
\usepackage[a4paper,%%textwidth=129mm,textheight=185mm, %%193-8<br />
text={160mm,260mm},centering]{geometry}<br />
\pagestyle{empty}<br />
\begin{document}</p>
<p>\title{使用ggplot2测试中文支持情况}<br />
\abstract{<br />
abc 测试中文,测试中文的目的在于是否能够在Rstudio的knirt中正常编译含有中文的字符，不会出现乱码的情况，事实证明，需要在代码开始设置UTF-8字符编码格式才可以正常使用中文。}<br />
<<setup, include=FALSE>>=<br />
options(device = function(file, width = 2, height = 2, ...) {<br />
  cairo_pdf(tempfile(), width = width, height = height, ...)<br />
})<br />
pdf.options(encoding="GB2312")<br />
@<br />
<<cyrillic, dev='cairo_pdf'>>=<br />
library(ggplot2)<br />
ti <- "中文"<br />
p <- ggplot(data=mpg,mapping=aes(x=cty,y=hwy))<br />
p + geom_point() + opts(title="测试")<br />
@<br />
\textbf{ggplot}这里主要测试中文是否能够正常支持的功能。<br />
<<fig.width=5, fig.height=3, message=FALSE, tidy=FALSE, fig.align="center">>=<br />
y <- c("PRC","USA","UK","FR")<br />
x <- c("中国","美国","英国","法国")</p>
<p>y<br />
x<br />
@</p>
<p>\end{document}</p>
<p>

问题就出在了在ggplot中使用opts的title参数设置中文，会在生成的pdf文件中显示错误，且无法在所生成的图形标题中正常显示中文，具体结果运行代码可知。</p>

OS:win

R :R i386 2.15.2

Rstudio:0.97.310

LyX:2.0.4

Knitr:1.0.5

这是个一言难尽的问题。搜Encoding： http://yihui.name/knitr/demo/graphics/

了解，那我就还是用E文吧。上面的代码我重排了一下，使用了pdf.options()函数，并设置encoding为gb2132。效果相对开始时有了一定的变化，标题乱码从..........变为了口口了，[s:19]

至于utf8，试了一下不是太好。

pdf()设备的字体和编码设置会让人崩溃的，遇到多字节的情况，建议用我上面链接里说的cairo_pdf()试试，它对多字节字符相对友好一些。

回复 第8楼 的 谢益辉：

我尝试一下，有结果再回复。[s:13]

===================

已经有结果了，基本功能已经可以正常使用。效果请在Rstudio中使用Knitr键入如下代码到Rnw文件中，并生成pdf。pdf中文、R code中文、code output中文、ggplot2 & plot绘图使用中文字符均已初步解决。

<br />
\documentclass[UTF8,10pt]{ctexart}<br />
\usepackage[a4paper,%%textwidth=129mm,textheight=185mm, %%193-8<br />
text={160mm,260mm},centering]{geometry}<br />
\pagestyle{empty}<br />
\begin{document}<br />
\title{使用ggplot2测试中文支持情况}<br />
\maketitle<br />
\abstract{<br />
abc 测试中文,测试中文的目的在于是否能够在Rstudio的knirt中正常编译含有中文的字符，不会出现乱码的情况，事实证明，需要在代码开始设置UTF-8字符编码格式才可以正常使用中文。}</p>
<p><<setup, include=FALSE>>=<br />
options(device = function(file, width = 2, height = 2, ...) {<br />
  cairo_pdf(tempfile(), width = width, height = height, ...)<br />
})<br />
pdf.options(family = "GB1")<br />
@</p>
<p>\textbf{plot}这里主要测试plot是否支持中文功能。<br />
<<fig.width=5, fig.height=3, message=FALSE, tidy=FALSE, fig.align="center">>=<br />
library(ggplot2)<br />
ti <- "中文"<br />
plot(c(1:10), main = "这是中文的标题", xlab = "X轴也是中文的",ylab="Y轴呢？")<br />
@</p>
<p>\textbf{ggplot}这里主要测试ggplot的中文是否能够正常支持。<br />
<<fig.width=5, fig.height=3, message=FALSE, tidy=TRUE, fig.align="center">>=<br />
y <- c("PRC","USA","UK","FR")<br />
x <- c("中国","美国","英国","法国")<br />
p <- ggplot(data=mpg,mapping=aes(x=cty,y=hwy))<br />
p + geom_point() + opts(title="ggplot的中文标题是这样子",plot.title=theme_text(face="bold",size=10,hjust=0.5,vjust=2,colour="black")) + xlab("测试X轴") + ylab("测试Y轴")<br />
#dev.off()<br />
#dev.off()<br />
@<br />
\textbf{}下面我们测试是否能够在代码执行中正常输出中文；输出结果如下<br />
<<>>=<br />
y<br />
x<br />
@<br />
\textbf{ggplot}我这里中文功能的支持主要使用的是pdf.options(family = "GB1")参数；如果你对ggplot或plot所绘制的图形有细节调整需求，比如：调整标题字体等，可使用各自的绘图参数调整即可，就像文中ggplot代码中的opts参数所列；<br />
\end{document}<br />

</p>

每个人的系统不同，可能会出现不同的字体簇设置。我这里主要参考了一下一些说明:

http://yihui.name/knitr/demo/graphics/

https://github.com/yihui/knitr/issues/172

https://github.com/yihui/knitr/issues/436

以及

http://yihui.name/cn/2010/02/misc-issues-in-latex-lyx-r-sweave-pgfsweave/

OS:win

R version:2.15.0

R Studio:0.97.310

最后说明一下，R调用LyX编译不能显示中文的确不是Knitr的Bug。[s:17]

很好的总结，谢谢！不过又要逼着我更新旧日志文章……

回复 第9楼 的 zggjtsgzczh：

你好，我复制了你的代码，执行后我这里报错

19 <<fig.width=5, fig.height=3, message=FALSE, tidy=FALSE, fig.align="center">>=

20 library(ggplot2)

21 ti <- "中文"

22 plot(c(1:10), main = "这是中文的标题", xlab = "X轴也是中文的",ylab="Y轴呢？")

23 @

Quitting from lines 19-22 (11.Rnw)

Error in grepl("\n", lines, fixed = TRUE) :

invalid multibyte string at '<83>"'

请问是什么原因，谢谢 ，是RSTUDIO配置问题还是其他原因？

回复 第12楼 的 god123：

升级R和RStudio至最新版。可解决中文问题。不过我这边倒是出现一个哭笑不得的问题，plot图ggplot图与文字和代码分离为两个文件。待我晚上看看如何解决。[s:12]

回复 第13楼 的 zggjtsgzczh：

你好，我用的是r 3.0.1 RStudio-0.97.551.exe

从lyx导出rnw后，有了\usepackage{fontspec} 然后报错

不知怎么设置还是缺少什么

Error: running 'texi2dvi' on 'ASDF.tex' failed

LaTeX errors:

!

! The fontspec package requires either XeTeX or LuaTeX to function.

! The fontspec package requires either XeTeX or LuaTeX to function.

!

!

! You must change your typesetting engine to, e.g., "xelatex" or "lualatex"

! You must change your typesetting engine to, e.g., "xelatex" or "lualatex"

! instead of plain "latex" or "pdflatex".

! instead of plain "latex" or "pdflatex".

!

!

! See the fontspec documentation for further information.

! See the fontspec documentation for further information.

!

!

! For immediate help type H <return>

! For immediate help type H <return>

|'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''

| This is a fatal error: LaTeX will abort

|...............................................

In addition: Warning message:

running command '"D:\PROGRA~1\CTEX\MiKTeX\miktex\bin\texi2dvi.exe" --quiet --pdf "ASDF.tex" -I "D:/setup/R/share/texmf/tex/latex" -I "D:/setup/R/share/texmf/bibtex/bst"' had status 1

回复 第13楼 的 zggjtsgzczh：

能不能留个联系方式，我的邮箱是freelife213@126.com

回复 第14楼 的 god123：

当RStudio的options设置中的Sweave卡片的"weave Rnw files using"选项为Sweave，"Typeset LaTex into PDF using"选项为pdfLaTex，以下代码有效:

我在R多个版本上测试均可以正常显示中文，以下为我在yihui站点参考的一段代码进行了相应编辑，可以正常显示中文、ggplot和plot图表。

<br />
\documentclass[UTF8,10pt]{ctexart}<br />
\usepackage[a4paper,%%textwidth=129mm,textheight=185mm, %%193-8<br />
text={160mm,260mm},centering]{geometry}<br />
\pagestyle{empty}<br />
\begin{document}<br />
\SweaveOpts{concordance=TRUE}<br />
\title{使用ggplot2测试中文支持情况}<br />
\maketitle<br />
\abstract{<br />
abc 测试中文,测试中文的目的在于是否能够在Rstudio的knirt中正常编译含有中文的字符，不会出现乱码的情况，事实证明，需要在代码开始设置UTF-8字符编码格式才可以正常使用中文。}</p>
<p><<setup, include=FALSE>>=<br />
options(device = function(file, width = 2, height = 2, ...) {<br />
  cairo_pdf(tempfile(), width = width, height = height, ...)<br />
})<br />
pdf.options(family = "GB1")<br />
@</p>
<p>\textbf{plot}这里主要测试plot是否支持中文功能。<br />
\begin{figure}<br />
\begin{center}<br />
<<rnorm,fig=TRUE>>=<br />
library(ggplot2)<br />
ti <- "中文"<br />
plot(c(1:10), main = "这是中文的标题", xlab = "X轴也是中文的",ylab="Y轴呢？")<br />
@<br />
\end{center}<br />
\end{figure}</p>
<p>\textbf{ggplot}这里主要测试ggplot的中文是否能够正常支持。<br />
\begin{figure}<br />
\begin{center}</p>
<p><<rnorm,fig=TRUE>>=<br />
y <- c("PRC","USA","UK","FR")<br />
x <- c("中国","美国","英国","法国")<br />
p <- ggplot(data=mpg,mapping=aes(x=cty,y=hwy))<br />
p + geom_point() + opts(title="ggplot的中文标题是这样子",plot.title=theme_text(face="bold",size=10,hjust=0.5,vjust=2,colour="black")) + xlab("测试X轴") + ylab("测试Y轴")<br />
#dev.off()<br />
#dev.off()<br />
@</p>
<p>\textbf{}下面我们测试是否能够在代码执行中正常输出中文；输出结果如下<br />
<<>>=<br />
y<br />
x<br />
@</p>
<p>\textbf{ggplot}我这里中文功能的支持主要使用的是pdf.options(family = "GB1")参数；如果你对ggplot或plot所绘制的图形有细节调整需求，比如：调整标题字体等，可使用各自的绘图参数调整即可，就像文中ggplot代码中的opts参数所列；</p>
<p>\end{center}<br />
\end{figure}</p>
<p>\end{document}</p>
<p>

</p>

引用代码出处：http://yihui.name/cn/2010/02/misc-issues-in-latex-lyx-r-sweave-pgfsweave/ (注：源代码中如果直接复制可能需要对所复制的代码稍加修正，就是要手动删除每行开始的那个空格，也就是要每行顶格写，否则编译错误)

我的平台：

OS:winxp

R:3.0.0

RStudio:0.97.551

CTEX:CTeX_2.9.2.164_Full

ps:不过，还是没有解决为什么ggplot所绘制的图表会单独作为一个test-rnorm.pdf存在，而不是显示到与test.Rnw同名的test.pdf文件中。————此问题已解决，加一个rnorm,fig=TRUE以及用{center}{figure}两个begin/end参数把绘图代码括起来就可以了。——最近升级过一次RStudio，然后没改Sweave选项。就发生本不该发生的悲剧了——不是说RStudio现在默认knitr了么，这个圈绕的。[s:12]

如果"weave Rnw files using"选项为knitr，"Typeset LaTex into PDF using"选项为pdfLaTex。请使用9#代码，依旧有效。

回复 第16楼 的 zggjtsgzczh：

<br />
<<setup, cache=FALSE, include=FALSE>>=<br />
opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload, self.contained = FALSE, root.dir = '~/R/project')<br />
@<br />

如上行代码所示的upload.fun、 self.contained、root.dir 这些选项在opts_knit$get()里是找不到，那怎么知道对应的选项有哪些（不就是opts_knit$get()吗）？upload.fun应该是从外部添加的吧？如何添加，是不是和下面提到的base包的options有关。这到底是个什么机制呢？</p>

<br />
<<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>=<br />
library(knitr)<br />
options(replace.assign=TRUE,width=50) # which package does options blong to<br />
opts_chunk$set(fig.path='figure/graphics-', cache.path='cache/graphics-', fig.align='center', dev='tikz', fig.width=5, fig.height=5, fig.show='hold', cache=TRUE, par=TRUE)<br />
knit_hooks$set(par=function(before, options, envir){<br />
if (before && options$fig.show!='none') par(mar=c(4,4,.1,.1),cex.lab=.95,cex.axis=.9,mgp=c(2,.7,0),tcl=-.3)<br />
}, crop=hook_pdfcrop)<br />
@<br />
 

如上段代码里，options()是base里的一个函数，主要是设置全局变量的。其中，replace.assign这个选项在names(options())里也是看不到的。</p>

ps:\SweaveOpts{concordance=TRUE}，这句话这里还能用吗

回复 第17楼 的 daigazi：

blackbox,一般开发者会设计一个功能函数框架与参数框架，然后开发每个函数使其能够得以使用。但是随着开发的进程发展，一些函数会被隐蔽，另一些函数被开启。至于原因多种多样，比如：更好地新函数替代旧函数，处在内部测试阶段的函数及参数等等。大多数情况下都是善意的，也有一些为了理性的商用目的而屏蔽了，比如一些统计软件的免费版商业版或单机版服务器版。这样就比较容易理解CRAN的审核政策了。黑魔法？ :)

有兴趣看源代或从通用函数的使用习惯进行猜测。具体本例，还是由拥有最高解释权的开发者解答，@TA.:)

ps:至于那个关于sweave的问题，请搜索本帖"悲剧"关键词[s:19]

回复 第18楼 的 zggjtsgzczh：这样子，那就不折腾了。

回复 第17楼 的 daigazi：好问题。如果你不明白这些选项是干什么的，我的建议是全部去掉。

replace.assign是formatR中的选项：https://github.com/yihui/formatR/wiki

opts_knit中的选项参见文档：http://yihui.name/knitr/options

这些事情确实有点乱，作为一个年少无知的开发者，总是有后悔的时候：https://github.com/yihui/knitr/issues/597 两年后再去想两年前的事情，肯定有很多可以改进的地方。几年前想的只是“勇敢的少年，快去创造奇迹”，有些事情之所以去做，完全只是因为觉得有办法做到，没有全局考虑。