stcarlos
各位高手好!打扰您们了。关于PASS软件,我有个比较偏的问题急需求教。我的设计思路和遇到的问题详述如下,恳请您指点,万分感谢!
设计:
113例肿瘤患者,收集记录患者的肿瘤部位、年龄、性别、肿瘤的最大直径、术式(保肢/截肢)、术前化疗的肿瘤坏死百分率,并进行免疫组化染色观察X蛋白的表达情况。随访终点为死亡、失访或生存至截止日期,随访期间的失访者算作删失值。自确诊至患者死亡之间的时间定义为总生存时间(overall survival time,OS),自手术之日至发生转移之间的时间为无转移生存时间(metastasis-free survival time,MFS)。生存分析采用Kaplan-Meier法,并应用Cox比例风险模型分析独立预后因素。
结果:
统计分析显示,肿瘤中X蛋白的表达情况(分为高、中、低三个水平,或者称为激活水平、阳性水平、阴性水平)与患者的性别、年龄、肿瘤直径、肿瘤部位、术式(保肢/截肢)、术前化疗的肿瘤坏死百分率等临床病理参数均没有显著相关性。
采用Kaplan-Meier生存分析各项临床病理参数,结果证实X蛋白表达水平与术前化疗的肿瘤坏死百分率对患者的总生存时间(OS)和无转移生存时间(MFS)均有显著影响(表1),但其他因素与患者生存期及转移无关 (表1)。进一步采用Cox风险比例回归模型分析显示,X蛋白表达水平与术前化疗的肿瘤坏死百分率是预测骨肉瘤生存时间和发生转移的两个独立预后因素(表2)。
表 1 患者OS和MFS的单因素生存分析
Variable OS MFS
Median survival months (95% CI) P value Median survival months (95% CI) P value
肿瘤部位
(大腿 / 小腿/其他部位) 61(48-74)/62(38-86)/65(29-101) 0.630 45(35-55)/39(15-63)/43(13-73) 0.587
年龄
(<18/≥18) 63(36-90)/61(51-71) 0.576 51(24-78)/41(35-47) 0.444
性别 (男/女) 63(53-73)/ 54(35-73) 0.645 43(37-49)/38(18-58) 0.565
术式 (保肢/截肢) 63(50-76)/61(45-77) 0.915 51(40-62)/40(29-51) 0.803
肿瘤直径(≤8cm/>8cm) 62(40-84)/59(46-72) 0.916 43(23-63)/41(35-47) 0.778
术前化疗的肿瘤坏死百分率
(≥90%/<90%) 49(36-62)/72(61-83) 0.032 35(23-47)/54(40-68) 0.021
X蛋白表达水平
(低/ 中/ 高) 86(52-120)/56(48-64)/39(27-51) 0.000 69(54-84)/45(37-53)/24(18-30) 0.000
表 2 患者OS和MFS的多因素生存分析
Hazard ratio (95% CI) P value
OS
X蛋白表达水平(采用哑变量)
高水平versus 低水平 4.947(2.843-8.606) 0.000
中水平versus 低水平 2.072(1.141-3.761) 0.017
术前化疗的肿瘤坏死百分率
<90% versus ≥90% 2.047(1.294-3.237) 0.024
MFS
X蛋白表达水平(采用哑变量)
高水平versus 低水平 4.915(2.907-8.311) 0.000
中水平versus 低水平 1.785(0.992-3.213) 0.053
术前化疗的肿瘤坏死百分率
<90% versus ≥90% 2.058(1.321-3.205) 0.001
注:表中的Hazard ratio就是SPSS结果文件中的Exp(B)数值(见下图),对吧?
审稿专家的意见和要求如下:
Postoperative overall survival times were analyzed (log-rank test) by pairwise comparison for each stratum for X expression profiles. There were significant differences between groups A and B (P=0.016), groups B and C (P=0.012), and groups A and C (P<0.001). What about the difference for FAK expression analyzed as three groups A,B, and C, and survival (OS and MFS)? Based n Kaplan-Meier curves the group A had the best prognosis, and it should be referral one in Cox regression model. The power of the tests is missing.
其中,前面的小问题我都已经修改好,只剩最后一句需要请大家指教。
我的困难和疑惑:
1、进入PASS11的主界面→打开survival→打开logrank界面,看见5个下级选项,分别是:
Lakatos
Freedman
Lachin and Foulkes
Group-sequential
Non-inferiority
这5个下级菜单中分别有一个或多个计算项目。那么,在这5个下级菜单中我到底应该选择哪个呢?下级菜单中如果有不止一个计算项目(比如Lakatos就含有下图中4个计算项目),我又该作何选择呢?
2、以Lakatos中第一个计算项目为例,Logrank Tests (Lakatos) [Hazard Rate],其界面包含很多参数,但只有alpha和N(Total Size Sample)这两个参数我知道大概怎么填写,其他参数我都不知道:(1)、要填多少?(2)、怎么算出来的?(3)、代表什么意义?
3、进入PASS11的主界面→打开survival→打开Cox Regression界面,倒是没有很多下级菜单了,但是仍有不少参数不会设置:(1)、要填多少?(2)、怎么算出来的?(3)、代表什么意义?具体包括
B (Log Hazard Ratio): 怎样计算?对数的底取多少?风险比(Hazard Ratio)就是上面表2 中的Hazard ratio (95% CI)吗?
R-squared of X1 with other Xs:X1是什么?
S (Standard Deviation of X1):
再次表示感谢!