在层次聚类分析中,组组之间的距离判断方式希望是“average”而不是默认的“complete”,那么在R的heatmap中,我应该如何设置hclustfun参数,才能使得聚类获得的连接方式是按照average距离判断连接的呢?
核心代码
hc=hclust(dist(mat),method="average")
rowgroups=cutree(hc,k=4) ###生成聚类组,此聚类组是按照average距离判断获得
heatmap.2(mat,distfun=dist,hclustfun=hclust,col=redgreen(75),RowSideColors=rowgroups) #hclustfun=hclust是默认的complete模式,与rowsidecolors获得的分类组(按照上面的average获得的)是不一致的,但是尝试修改了hclustfun,一直未成功。