funnybomb rt,同个物种,两个因子(16个不同组织,不同生长时期,每个同时期同组织样本取自若干不同个体混合)16*4做的RNA seq,没有重复-_-(重复不起啊),怎么样做差异分析比较合理。。。
funnybomb [未知用户] 没有重复的问题已经搞定,重复了10 组,可以估计BCV了,现在初步打算用edgeR,表格大致为 gene sample1_time1_tissue1 sample2_time2_tissue1 sample3_time3_tissue1 sample4_time1_tissue2 .... ago2 XXXX XXXXX XXXX XXXXXX sox4 XXXX XXXXX XXXX XXXXXX 下面的问题是要做怎么样的分析比较好,比较浆糊,我看的他的case都还是有对照组, 几个问题:1. 两个因素是不是要独立来看? 老板的意思貌似是先做一个two way anova,看看 两个实验因素(发育时期差异和组织差异)之间的关联。 我的统计不是很好,我的理解是一个一个gene 做? 2.假设要两个因素独立考虑,假设考虑发育时间因素,要怎么从4个时期中选出特异性表达的基因? 我现在的想法是对于一个特定组织,4个时期的做组合的两两差异表达,在6个组合中都有的差异基因为该组织的发育特异性的基因,不知这样可行? 还是就按照发育时期来,比如 time2 vs time1 然后做 time3 vs time2 最后做time4 vs time3 选出共同的? 那组织特异性又如何做呢? 3.如果两个因素一起考虑,要怎么做? 请多多指教