对卡方检验和Fisher精确检验的的差别在于,本人认为数据期望频数的差别,如果期望频数有其中之一小于5,那么就应该使用Fisher精确检验,如果每个频数都大于5那么就应该使用卡方检验,
对于这个期望频数考虑是在2x2的矩阵中考察的,不知道在2xn的矩阵中是否也是如此的?
在计算一些2xn矩阵是,如果数据比较多,如下,如果使用fisher检验,那么他就会报错,Error in fisher.test(x, hybrid = TRUE) :
FEXACT error 6.
LDKEY is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.
但是如果simulate.p.value=TRUE,B=2000,设置了蒙特卡洛模拟和模拟次数,用fisher检验就不会出错,这是什么问题,看看论坛上好像也没有相关的帖子,
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 20 22 18 7
[2,] 24 38 48 18
[3,] 80 104 81 54
[4,] 82 125 113 92
so 总结一下我的问题:选择fisher精确检验和卡方检验是否仅仅通过计算期望频数,期望频数是否有小于5来决定?
在fisher精确检验中workspace是个什么情况,为什么设置了蒙特卡洛模拟就可以无视workspace