在Batch Mode下完成无人值守的R项目测试

今天我来谈一点用R编程的经验吧。好像R的很多方面许多牛人都谈过了,比如R的打包啊,R的图形啊,下面我来谈谈R的测试。如果希望真正学到什么的话,还是要自己花时间实践的。

在很多情况下,你自己或和你的团队在一起开发一个R的项目,而伴随着开发的深入,测试就成了家常便饭。但是往往很多统计算法涉及到比较大的计算,比方说missing data的模型,比方说具有多层次结构的模型。测试这些R程序需要花费大量的时间。当然了如果你的程序规模很小,计算量也不大的情况下,大可不必杀鸡用牛刀,但是一般情况下,再小的一段统计算法,如果需要做一系列的simulation或是case study的话,测试都会花很多的时间。比如,如果你有几个实现了推广的ROC模型的R函数,或者是一个包含这些函数的R包,没有人能说这个程序真正管用,你要测试,那你就需要做simulation和case study。simulation简单的就是模拟出一系列预先设定模型参数的数据,让目标模型去fit,然后比较结果。case study则可以做各式各样的比较研究,特定数据的实例分析等等。好了,废话不多说,总之这篇文章就是告诉你怎么样方便地测试,随时随地想测就测。

其实核心就是调用Rterm,包含的主要文件如下:

(1)创建文件:Rbatch.bat

cd test
date /T >> logout.txt
time /T >> logout.txt
cd..
C:\Progra~1\R\R-2.8.0\bin\Rterm.exe --vanilla <config.R> testout.txt

(2)创建文件:config.R

#如果你已经打好了R包,一下的代码可以减少,只要load你的包就好了。

#下面的版本是你还没有打包,但是调用了C++动态链接库,测试数据,和函数源代码需要source

# PATH
#---------------------------------------------------------
Path.autorun <- "C:\\autorun\\"
Path.rdll <- "C:\\WORK\\Project\\src\\C++\\bin\\"
Path.data <- "C:\\WORK\\Project\\Datasets\\Data\\R\\"
Path.funs <- "C:\\WORK\\Project\\src\\R\\"
Path.dump <- "C:\\autorun\\results\\"
#---------------------------------------------------------
dyn.load(paste(Path.rdll,"RDLL.dll",sep=""))

source(paste(Path.autorun,"source.data.R",sep=""))
source(paste(Path.autorun,"source.funs.R",sep=""))
source(paste(Path.autorun,"source.test.R",sep=""))
source(paste(Path.autorun,"testProjectR.R",sep=""))

source.data(Path.data)
source.funs(Path.funs)
testProjectR(paste(Path.autorun,"test\\",sep=""),TEST=0)

(3)创建测试框架函数testProjectR in testProjectR.R 文件:

testProjectR <- function(loc=getenv("STEST"), TEST=c(0,1,2)) {
## loc: the directory of the Project testing suite
## TEST: (0: the default loop test, 1: test buglist only, 2: loop test and test buglist
if (loc!="") dirOfRTestSuite <- loc
else stop("Specify the directory of testing suite to loc.")
print(dirOfRTestSuite)
TESTBUG <- TEST[1]
tests <- character(0)
if (TESTBUG != 1) tests <- scan(paste(dirOfRTestSuite,"testlist",sep=""),what=character(0))
if (TESTBUG != 0) tests <- c(tests, scan(paste(dirOfRTestSuite,"buglist",sep=""),what=character(0)))
print(tests)
for ( i in 1: length(tests) )
{
print(paste(dirOfRTestSuite,tests[i],sep=""))
source(paste(dirOfRTestSuite,tests[i],sep=""))
}
invisible()
}

(4)创建testlist 文件在\test目录下里面写你要测试的文件名

运行Rbatch.bat,开始测试。

在测试函数中通过用try命令,实现对异常的收集,而不直接跳出测试。

batch mode



在Batch Mode下完成无人值守的R项目测试》有1个想法

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注